Hola, en mi caso lo unico que andubo fue configurar bien los parametros "Update Interval", "History storage period" y "Trend storage period" en los items.
Con "update interval" tenes que setear los intervalos de tiempo en que a vos te interesa tomar esa info. Por ahi de los servers mas importantes te interesa tomarlos cada 30, 60, 120 segundos pero de otras cosas podes tomar cada 10minutos o mas y con esto bajas mucho la cantidad de datos.
Con los otros parametros le decis cuanto tiempo guardas la info, en muchos casos no interesa guardarlos mas que unas horas o unos dias.
Ademas usar herramientas como estas:
https://github.com/burner1024/zabbix-sql
Para depurar un poco la DB, hay muchas por internet, en mi caso redujeron bastante el tamaño de la DB.
Tambien podrias hacer configuraciones de la DB por ejemplo usar un archivo por tabla con innodb_file_per_table, o podes correr un optimize table para ver si libera espacio.
Saludos
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